Jobim

En juin, Yanis Asloudj a participé aux Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM). Cette conférence nationale accueille annuellement plus de 400 chercheurs en bio-informatique. Au cours de la conférence, Yanis a pu présenter un nouvel algorithme ensembliste de partitionnement pour le single-cell, et le prix de la meilleure présentation orale lui a été décerné à cette occasion.

Chez les organismes vivants, le regroupement de plusieurs cellules est nécessaire pour développer des structures complexes telles que des organes. Les cellules qui composent ces structures ont des rôles différents et spécifiques. Afin d'étudier la diversité cellulaire d'une structure d'intérêt, la technologie "single-cell" se développe depuis une dizaine d'années. Brièvement, cette technologie permet de mesurer des informations moléculaires pour chaque cellule dans un échantillon. Dans le cadre de sa thèse, Yanis développe de nouveaux algorithmes pour extraire des connaissances biologiques depuis ces données moléculaires.

Pour étudier les données moléculaires single-cell, une étape cruciale consiste à identifier des groupes de cellules avec des profils moléculaires similaires. On appelle cette étape le "partitionnement".
Aujourd'hui, plus de 300 méthodes de partitionnement existent, et elles ont chacune des spécificités et des hypothèses différentes. Pour tirer profit de cette diversité méthodologique, et générer de meilleurs partitionnements, leurs résultats peuvent être intégrés ; on parle alors d'algorithme de partitionnement "ensembliste".

La contribution principale dans ce travail est la proposition d'une nouvelle philosophie pour le problème de partitionnement ensembliste. Traditionnellement, un algorithme ensembliste va chercher à minimiser les différences entre plusieurs partitionnements. Dans son travail, Yanis montre que ces différences peuvent en réalité être informatives, et propose de les décrire au lieu de les minimiser ; il adresse ainsi plusieurs défis algorithmiques propres au partitionnement single-cell. Le papier associé à ce travail sera prochainement disponible.